2. Classificatie onbekende ouders
Noodzaak voor de volgende stap
Als de founders niet worden geïdentificeerd en alle dieren zonder geregistreerde ouders als founders worden beschouwd, kan de genetische diversiteit er veel hoger uitzien dan ze in werkelijkheid is. De hulpmiddelen die in stap 3 worden besproken, zullen dan de verkeerde dieren selecteren, vanwege niet-geïdentificeerde relaties binnen de populatie. Zonder dit onderscheid tussen 'founders' en 'foundlings' kan je zelfs beter niets doen dan bijvoorbeeld Mean Kinship inzetten.
Founders
Founders worden simpelweg gedefinieerd als dieren die niet verwant zijn aan elkaar. Alle stambomen zijn terug te leiden tot deze founders. Founders zijn dieren die tot de 'oorspronkelijk bron-populatie' behoorden. In dierentuinpopulaties zijn dit de dieren die in het wild werden gevangen. Het aantal founders van de wereldwijde populatie kleine panda's (Ailurus fulgens) in gevangenschap is bijvoorbeeld 35. Bij huisdierrassen kan het soms moeilijker zijn om de founders te identificeren. Veel hondenrassen zijn echter begonnen met slechts een paar founders, waardoor het gemakkelijker is om ze te identificeren. Voor de IJslandse herdershond was het aantal founders niet meer dan 20. De plaats van herkomst is bekend voor de meeste van deze founders.
Twee of drie categorieën
Alle dieren zonder geregistreerde ouders moeten worden toegewezen aan de volgende categorieën:
1) Founders (echte founders zijn niet gerelateerd aan alle andere founders)
2) Foundlings (vondelingen): dieren die afstammen van founders maar waarvan de directe ouders niet bekend zijn.
3) Volledig onbekend: dieren waarvan helemaal geen idee is waar ze vandaan komen
Gebruik “Onbekend” alleen als dieren een grote kans hebben van founder zijn, plaats anders geen dier in deze categorie.
Voor founders is het belangrijk om hun achtergrond te kennen. Voor in het wild gevangen dieren is de plaats van herkomst belangrijk evenals de (vermoedelijke) ondersoort van dit dier. Bij rassen is het ook handig om per founder de herkomst te weten. Bovendien worden soms andere rassen in de populatie geïntroduceerd. Ook deze dieren zijn in theorie en voor de diversiteit: 'founder-dieren'.
Als laatste optie zou men mogelijke ouders moeten identificeren voor Foundlings. In stap 3 kunnen we van die informatie gebruik maken. In geavanceerde verwantschapsberekeningssoftware worden de vermoedelijke ouders van verwante dieren opgenomen. Conservatie-strategieën op basis van deze verwantschapsberekeningen zijn effectiever dan enkel naar inteelt kijken.
Hoe dieren met onbekende ouders te categoriseren?
Net als in de vorige stap moet je hiervoor iemand vinden die ervaring heeft met databases. In grotere datasets met een groot aantal ouders met onbekende ouders, is het raadzaam om dieren 'op te shonen' die niet hebben bijgedragen aan de huidige populatie, voordat je begint met het identificeren van founders, foundlings en hun mogelijke ouders.
Noodzaak voor volgende stap
Als de founders niet zijn geïdentificeerd, worden meestal alle dieren met onbekende ouders verondersteld founders te zijn. Vervolgens wordt onder deze aanname de verwantschap en Mean Kinship berekend. Deze berekeningen zijn vervolgens onbetrouwbaar. Analyse op basis van onvolledige stambomen kan zelfs een negatief effect hebben op fokbeslissingen: het kan diversiteit verminderen. In een onderzoek onder drie populaties met niet-geregistreerde ouders werd het effect onderzocht van het niet onderscheiden van founders en foundlings. De resultaten zijn terug te vinden in het figuur op deze pagina. Hieronder ziet u een indicatie van het effect. Het figuur toont de diversiteit die is bespaard door simulaties op basis van bestaande stambomen waarbij dieren met onbekende ouders niet werden gecorrigeerd (rood gebied; de bovenste grafiek) of gecorrigeerd door vermoedelijke ouders (groen gebied; de onderste grafiek). Simulaties hadden drie dierentuinpopulaties als uitgangssituatie. De bespaarde diversiteit was veel groter in elke populatie toen de echte founders en vermoedelijke ouders voor Foundlings werden geïdentificeerd. Als voorbeeld: bij de giraffe werden 95 Founder-genome equivalents (een maatstaf voor genetische diversiteit) behouden in plaats van slechts 84. In de conservatie genetica is dit verschil enorm.
